根据省委、省政府批准的《东营市人民政府机构改革方案》(鲁委［2000］273号)和《中共东营市委、东营市人民政府关于东营市人民政府机构改革实施意见》(东发［2001］7号)，东营市海洋与水产局更名为东营市海洋与渔业局。市海洋与渔业局是主管全市海洋事务和渔业行政的市政府工作部门。
　　一、职能调整
　　(一)增加的职能
　　1、承办“海上东营”建设领导小组办公室的日常工作。
　　2、负责水生野生动物的保护和防疫工作，参与渔用药物和饲料的监督管理。
　　(二)转变的职能
　　加强全市海域使用管理和海洋环境保护，确保海洋资源可持续利用和海洋经济快速、健康发展。将渔业技术推广等技术性、服务性工作交给有关事业单位、协会承担。
　　二、主要职责
　　结合以上职能调整，市海洋与渔业局的主要职责是：
　　(一)贯彻执行国家、省有关海洋与渔业的法律法规和方针政策，研究拟定全市海洋与渔业的政策措施并监督实施。
　　(二)编制并组织实施全市海洋开发和渔业发展规划、计划和海洋功能区划、海域使用规划。
　　(三)监督管理海岸带、内海等管辖海域的使用，负责海域使用许可制度和海域有偿使用制度的实施与监督，协调各涉海部门、行业的海洋开发活动，承担组织全市海域勘界，会同有关部门审核报批近岸海域范围内的海底电缆铺设、管道路由、海上人工构造物设置和重大涉海工程项目。
　　(四)负责海洋和渔业水域生态环境保护工作。组织拟定全市海洋与渔业环境保护与整治规划，组织调查处理渔业水域污染事故，贯彻执行污染物排海总量控制制度，按照国家标准监督陆源污染物排放入海，防止海洋石油勘探开发、海洋倾废、海洋工程建设项目造成的污染损害，组织海洋环境的调查、监测、监视、评价和科学研究，监督海洋生物多样性和水生野生动物保护，选划和监督管理海洋自然保护区和特别保护区，核准新建、改建、扩建海岸和海洋工程项目的环境影响报告书。
　　(五)组织海洋与渔业经济、资源、环境调查。指导海洋防灾减灾工作，发布渔情预报，海洋预报和海洋环境预报，管理海洋观测、监测、灾害预报警报等公益服务系统。
　　(六)负责全市渔业产业结构与布局调整、水产种质资源管理和原(良)种场的报批，组织、协调、指导水产增养殖业、海洋捕捞业及养殖生态环境的调控。指导水产品加工、流通。根据国家授权拟定渔船、渔机、网具制造规范和技术标准并监督实施。
　　(七)负责渔政管理、渔港监督和渔船检验工作。管理保护渔业资源，监督实施渔业捕捞许可制度和休渔期制度，维护渔业生产秩序，负责渔业抢险救助和渔业无线电通信管理工作。
　　(八)负责水生野生动物的防疫和水产养殖病害防治工作，参与渔用药物和饲料的监督管理。
　　(九)管理全市海监和渔业执法队伍，依法在全市渔港和管辖水域实施巡查监视，监督管理，查处违法活动，维护国家海洋与渔业权益。
　　(十)会同有关部门编制全市海洋与渔业科技发展规划、计划，组织重大科研项目的攻关及成果应用推广，组织、指导海洋与渔业人才培养、教育工作。
　　(十一)负责海洋与渔业对外经济技术交流和合作，监督执行国际渔业公约和双边、多边渔业协定，协调处理海洋与渔业涉外事件。
　　(十二)负责海洋与渔业的基本建设、统计、财务、信息、资料、宣传和档案管理工作，负责海洋与渔业行政应诉、行政复议和行政执法监督检查。
　　(十三)承办“海上东营”建设领导小组办公室的日常工作。
　　(十四)负责本部门及部门职责范围内的安全工作。
　　(十五)承办市委、市政府交办的其他事项。
　　三、内设机构
　　根据以上职责，市海洋与渔业局设4个科室。
　　(一)办公室(挂政策法规科牌子)
　　协助局领导组织协调机关日常工作，负责机关文秘、信息、档案、保密、信访、督查、宣传、会务、接待、后勤和安全工作。研究提出海洋与渔业发展战略和政策措施，拟定海洋与渔业法制建设规划，组织协调海洋与渔业工作调研，负责海洋与渔业行政应诉、行政复议和行政执法监督检查，负责局机关和直属单位的人事、劳动工资和社会保障及离退休人员的服务工作，组织、指导本系统的教育培训和行业技能鉴定工作。承办“海上东营”建设领导小组办公室的具体工作。
　　(二)计划财务科
　　研究拟定海洋与渔业中长期发展规划和年度计划，组织拟定海洋与渔业科技发展规划与计划，负责海洋与渔业基本建设、技改项目的论证、报批，负责海洋与渔业重大科技项目的论证、申报，负责海洋与渔业统计工作，编制海洋与渔业事业费预算并处监督执行，负责局机关财务管理，指导、监督直属单位财务、国有资产管理。
　　(三)海域管理科(挂环境保护科牌子)
　　组织编制全市海洋功能区划和海域使用规划，组织实施海域使用许可制度和海域有偿使用制度，组织海洋、海岸工程的海域使用可行性论证，负责近岸海域和滩涂采砂用海的海域使用可行性论证和管理，会同有部门审核报批近岸海域海域海底电缆铺设、管道路由和海上人工构造物设置，组织开发海洋、海岸带资源调查，组织指导全市海域勘界，负责海岸线以下海域和海岸线以上与潮间带相连的用于海水养殖的荒滩的管理。组织指导全市海洋与渔业水域环境保护工作，拟定全市海洋与渔业水域环境保护与治理规划，贯彻执行污染物排海总量控制制度，防止海洋石油勘探开发、海洋倾废、海洋工程建设项目造成的污染损害，选划和管理海洋自然保护区和海洋特别保护区，组织海洋环境调查和评价，组织调查处理渔业水域污染事故，组织审核海岸工程项目和核准海洋工程项目的海洋环境影响报告书，负责海洋减灾防灾工作，管理海洋公益服务系统。
　　(四)渔业科(挂经济贸易科牌子)
　　指导、协调全市渔业生产，负责水生野生动物的防疫和水产养殖病害防治，拟定并指导实施水产养殖、增殖计划，负责渔业原(良)种场建设以及水产苗种的引进、生产的审批和质量监督管理，负责全市渔业示范基地建设，组织渔业经济调查，发布渔情预报，负责近海和外海渔汛期捕捞生产的调度和渔具渔法改良指导工作，负责海洋与渔业对外经济技术交流和合作，负责远洋渔业开发管理，监督执行国际渔业公约和双边、多边渔业协定，负责海洋渔业外经项目的管理。指导全市水产品加工、流通和进出口贸易，根据国家授权拟定渔船、渔机、网具制造规范和其他渔业技术标准并监督实施，会同有关部门办理渔用药物和饲料的审批，指导全市水产品批发市场建设。
　　四、人员编制
　　市海洋与渔业局机关编制总额16名，其中，行政编制13名，离退休干部工作人员编制1名，工勤人员编制2名。可配备局长1名，副局长3名，科级领导职数4名。纪检、监察机构和人员编制按这次机构改革的有关规定执行。
　　五、其他事项
　　(一)海洋与渔业部门管理海岸线以下海域和海岸线以上与潮间带相连的用于海水养殖的荒滩，其他荒滩由国土资源部门管理。
　　(二)市海洋与渔业局负责全市海洋环境的监督、管理，组织海洋环境的调查、监测、监视、评价和科学研究，负责全市防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作。市环境保护部门对全市海洋环境保护实施指导、协调和监督。