一、合同备案审核总要求：
(一）审核合同备案单位资格。审核合同备案单位是否有进出口经营权；是否在海关注册登记；所经营产品是否在其营业执照批准的经营范围之内；承接加工业务的企业和外商的国内代理人是否是具有法人资格的经济实体。
（二）区分企业性质和贸易性质，审核手册种类。
1内资企业：
来料加工：《加工装配和中小型补偿贸易进口货物登记手册》进料加工：《进料加工登记手册》、《进口辅料登记手册》
2外商投资企业：《外商投资企业履行产品出口合同所需进口料件加工复出口登记手册》
(三)加工贸易合同进口商品属《加工贸易进口禁止类商品目录》所列商品的，不予办理加工贸易合同备案。
禁止类商品包括：进口料件属于我国禁止进口商品（包括旧服装、含淫秽内容的废旧书刊、含有害物、放射性物质的工业垃圾等）；用于拆解、翻新的废旧汽车、摩托车及其主要部件；为种植、养殖等出口产品而进口的种子、种苗、化肥、饲料、添加剂、抗生素等；冻的鸡翼尖、鸡爪、鸡肝及其它鸡杂碎。
(四)加工贸易合同进口商品属《加工贸易重点敏感商品目录》（见附件1）所列商品的，需由经营单位注册地省级加工贸易审批机关审批。
（五）备案进口总值超过1000万元人民币的加工贸易合同及其他要求上报总关审批的合同，需报送总关主管关长或总关加工贸易监管处审批后方可予以登记备案。
（六）对首次在海关申请办理加工贸易合同备案的企业，须经前期验厂核查符合要求后，方可办理备案。
（七）在审批加工贸易合同时，应严格按照企业适用的管理类别进行管理：
AA类企业不实行银行保证金台帐制度；
A类企业实行银行保证金台帐“空转”；
B类企业进口《加工贸易进口限制类商品目录》（见附件2）所列商品实行银行保证金台帐“实转”，其他商品实行“空转”；
C类企业实行银行保证金“实转”；
D类企业不予办理新合同的备案手续。
如加工贸易经营单位与承接委托加工的生产企业管理类别不一致时，以A、B、C为顺序，海关按照较后的管理类别采取相应的管理措施，经营单位不得委托D类管理的加工企业进行加工。
二、审核依据
(一)来料加工合同：
内资企业：（87）署货字第893号《中华人民共和国海关关于对外加工装配业务的规定》
外资企业：署监一（92）1099号《中华人民共和国海关对外商投资企业进出口货物监管办法》
（二）进料加工合同：
内资企业：（88）署货字第403号《中华人民共和国海关对进料加工进出口货物管理办法》
外资企业：署监一（92）1099号《中华人民共和国海关对外商投资企业进出口货物监管办法》
三、合同备案需提供的单证
—企业填写盖章的手册
—合同备案作业呈批表
—加工贸易审批表（限合同备案进口总值超1000万元人民币或其他需上报总关审批的加工贸易合同）
—企业加工合同备案情况表（预录入打印）
—外经贸主管部门批文
—外经贸主管部门核发的加工贸易加工企业生产能力证明
—企业填报的合同预录入呈报表
—企业填报的进口料件预录入呈报表
—企业填报的出口成品预录入呈报表
—企业填报的单耗预录入呈报表
—加盖外经贸主管部门审批章的进出口合同
—《农产品进口关税配额证（B）类》或《天然橡胶进口配额证（B）类》（限备案进口关税配额农产品和天然橡胶）
—海关需要的其他单证（如委托加工合同等）
四、加工贸易合同变更、展期操作规范
企业应提供以下单证：
—展期申请表（限合同展期）
—合同备案变更作业呈批表（合同展期不需填报）
—展期审批表（加工贸易合同因故展期一年以上）
—加工合同变更预申报情况表（预录入打印）
—外经贸主管部门批文
—变更预录入呈报表(一）
—变更预录入呈报表（二）（合同展期不需填报）
—加盖外经贸主管部门审批章的进出口变更合同
但应注意，对贸易性质不变，商品品种不变，合同变更金额小于1万美元（含1万美元）和展期不超过3个月的合同，不需经外经贸部门审批。
五、加工贸易合同核销操作规范
企业应向海关提交下列单据：
1加盖申请单位公章的《核销报告》
2加工贸易登记手册总册及其所有分册（无分册不需提供）
3加盖“验讫章”的进出口报关单
4加盖申请单位公章的“企业合同核销预录入呈报表”和打印的“企业合同核销申请表”
5海关所需其他单据
