发放排污许可证过程可分为：排污申报登记、分配排污量、发放许可证、发放后的监督管理。

（一）排污申报登记。

排污单位在指定的时间内向当地环境保护行政主管部门办理申报登记手续，并提供污染防治方面的有关技术资料。受理申报登记的环境保护行政主管部门对排污单位的申报进行检查、核实。

（二）分配排污量

各地区按本地的环境容量确定污染物总量控制指标，或以某一年该地区污染物排放总量为基础确定污染物排放削减量，然后通过技术、经济可行性分析和优化计算方案比较，确定各排污单位的污染物允许排放量。

（三）发放许可证

对不超出排污总量控制指标和限制条件的排污单位，7个工作日内颁发《排放许可证》；对超出排污总量控制指标的排污单位，7个工作日内颁发《临时排放许可证》，并限期削减排放量。对跨地市界区的排污单位，其《排放许可证》和《临时排放许可证》需报省环境保护行政主管部门审查核准污染物的排放量；对跨省界区的排污单位，特殊性质的排污单位，特大型的建设项目，其《排放许可证》和《临时排放许可证》需报国务院环境保护行政主管部门核准污染物排放量。

（四）发证后的监督管理

许可证发放后，发证单位必须对持证单位进行严格的监督管理，使持证单位按许可证的要求排放污染物。这种监督管理包括对排污情况的监测、对排污数据的报送、对持证单位排污情况定期和不定期的检查等。对违反许可证排污的，要依法给予处罚，直至吊销许可证。